近年來，紅河州不斷加大畜禽品種資源保護力度，畜禽遺傳資源多樣性優(yōu)勢進一步顯現(xiàn)，為發(fā)展特色高原畜牧業(yè)奠定了基礎(chǔ)。目前，全州共有20個畜禽遺傳資源，畜禽遺傳資源數(shù)量位居云南省首位，其中：禽遺傳資源9個（建水黃褐鴨、云南麻鴨、大圍山微型雞、蒙自斗雞、金平大種雞、云南紅雞、瀘西阿峨雞、紅河番鴨、紅河灰鵝），牛遺傳資源2個（滇東南水牛、云南黃牛），羊遺傳資源4個（石屏青綿羊、彌勒紅骨山羊、紅河綿羊、云嶺黑山羊），豬遺傳資源2個（滇南小耳豬、大河豬），馬、驢遺傳資源3個（紅河馬、云南矮馬、紅河驢）。石屏青綿羊、彌勒紅骨山羊、大圍山微型雞、建水黃褐鴨、云南矮馬5個畜禽遺傳資源已被列為云南省畜禽遺傳資源保護品種，及被列入了《國家畜禽遺傳資源目錄》，進入目錄數(shù)量居云南省首位。